既存インストール(0.8.2)を削除し、サイトからダウンロードした
zip ファイルを解凍してインストールしようとしたところ、
添付のエラーが発生し、インストールできません。
パッケージの参照先が旧バージョンのままになっているようです。

環境:
Windows Server 2003 R2 SP2 日本語版

エラー内容:
プラットフォームのバージョン情報
Windows : 5.2.3790.131072 (Win32NT)
Common Language Runtime : 2.0.50727.3603
System.Deployment.dll : 2.0.50727.3053 (netfxsp.050727-3000)
mscorwks.dll : 2.0.50727.3603 (GDR.050727-3600)
dfdll.dll : 2.0.50727.3053 (netfxsp.050727-3000)
dfshim.dll : 2.0.50727.3053 (netfxsp.050727-3000)

ソース
配置の URL : http://mbcerp.mbc-net.com/program/mbcremotedesktop/MBCRemoteDesktopClient.application
サーバー : Microsoft-IIS/7.0
X-Powered-By : ASP.NET
配置プロバイダの URL : http://mbcerp.mbc-net.com/program/mbcremotedesktop/MBCRemoteDesktopClient.application

ID
配置 ID : MBCRemoteDesktopClient.application, Version=0.8.2.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=72f48864df7a3791, processorArchitecture=x86

アプリケーションの概要
* インストールできるアプリケーションです。

エラーの概要
以下はエラーの概要です。これらのエラーの詳細はログに一覧表示されています。
* http://mbcerp.mbc-net.com/program/mbcremotedesktop/MBCRemoteDesktopClient.application のライセンス認証により例外が発生しました。 次の失敗メッセージが検出されました:
+ http://mbcerp.mbc-net.com/program/mbcremotedesktop/Application Files/MBCRemoteDesktopClient_0_8_2_0/MBCRemoteDesktopClient.exe.manifest のダウンロードに失敗しました。
+ リモート サーバーがエラーを返しました: (404) 見つかりません

コンポーネント ストア トランザクションの失敗の概要
トランザクション エラーは検出されませんでした。

警告
この操作中に警告は発生しませんでした。

操作の進行状況
* [2010/01/03 1:17:57] : http://mbcerp.mbc-net.com/program/mbcremotedesktop/MBCRemoteDesktopClient.application のライセンス認証が開始されました。
* [2010/01/03 1:18:03] : 配置マニフェストの処理は正常に完了しました。
* [2010/01/03 1:18:03] : アプリケーションのインストールが開始されました。

エラーの詳細
この操作中に次のエラーが検出されました。
* [2010/01/03 1:18:04] System.Deployment.Application.DeploymentDownloadException (不明な subtype)
- http://mbcerp.mbc-net.com/program/mbcremotedesktop/Application Files/MBCRemoteDesktopClient_0_8_2_0/MBCRemoteDesktopClient.exe.manifest のダウンロードに失敗しました。
- ソース: System.Deployment
- スタック トレース:
場所 System.Deployment.Application.SystemNetDownloader.DownloadSingleFile(DownloadQueueItem next)
場所 System.Deployment.Application.SystemNetDownloader.DownloadAllFiles()
場所 System.Deployment.Application.FileDownloader.Download(SubscriptionState subState)
場所 System.Deployment.Application.DownloadManager.DownloadManifestAsRawFile(Uri& sourceUri, String targetPath, IDownloadNotification notification, DownloadOptions options, ServerInformation& serverInformation)
場所 System.Deployment.Application.DownloadManager.DownloadManifest(Uri& sourceUri, String targetPath, IDownloadNotification notification, DownloadOptions options, ManifestType manifestType, ServerInformation& serverInformation)
場所 System.Deployment.Application.DownloadManager.DownloadApplicationManifest(AssemblyManifest deploymentManifest, String targetDir, Uri deploymentUri, IDownloadNotification notification, DownloadOptions options, Uri& appSourceUri, String& appManifestPath)
場所 System.Deployment.Application.ApplicationActivator.DownloadApplication(SubscriptionState subState, ActivationDescription actDesc, Int64 transactionId, TempDirectory& downloadTemp)
場所 System.Deployment.Application.ApplicationActivator.InstallApplication(SubscriptionState& subState, ActivationDescription actDesc)
場所 System.Deployment.Application.ApplicationActivator.PerformDeploymentActivation(Uri activationUri, Boolean isShortcut, String textualSubId, String deploymentProviderUrlFromExtension, BrowserSettings browserSettings, String& errorPageUrl)
場所 System.Deployment.Application.ApplicationActivator.ActivateDeploymentWorker(Object state)
--- 内部例外 ---
System.Net.WebException
- リモート サーバーがエラーを返しました: (404) 見つかりません
- ソース: System
- スタック トレース:
場所 System.Net.HttpWebRequest.GetResponse()
場所 System.Deployment.Application.SystemNetDownloader.DownloadSingleFile(DownloadQueueItem next)

コンポーネント ストア トランザクションの詳細
トランザクション情報はありません。

XP環境で確認してみましたが、特に問題なさそうでした。
エラーの内容を見てみますと、Ver 0.8.2にアクセスしているように見受けられます。
大変申し訳ございませんが、再度最新版をダウンロードして試して頂けませんでしょうか？
最新版のファイルには、「Application Files」フォルダに「MBCRemoteDesktopClient_0_8_3_30」というフォルダがあると思いますので、ご確認頂ければと思います。

MBCRemoteDesktopClient_0_8_3_31
にて、インストールできることを確認致しました。

Windows XP SP3 環境にて、 Ver.0.8.3 Revision 31 が認識されない
事象が発生したのですが、どうも、弊社内の proxy サーバ経由で更新しよう
とすると、発生します。
proxy サーバを経由しない、自宅ネットワークでは、正しくインストール
できました。

ご連絡ありがとうございます。

Proxyサーバまで考えが及びませんでした。ありがとうございます。

ClickOnceと言う技術を利用しているのですが、セットアップする際、サーバのファイルを一度参照しているようで、Proxyサーバを使用している場合「MBCRemoteDesktopClient.application」がキャッシュされていて、古いバージョンのファイルが取得できてしまい、ClickOnce側では新しいバージョンとして認識してしまうようです。

もし、Proxyサーバを使用している環境で、古いバージョンがインストールされてしまいましたらキャッシュがリセットされるまでは、ダウンロードした「MBCRemoteDesktopClient.application」をダブルクリックしてインストールを実行して下さい。

新しいバージョン通知で古いバージョンを提示されますので、更新を行わなければ新しいバージョンをそのまま使用できます。